在最重要的员工安置问题上，区里给出了两个方案，一是区里在转让企业股权的同时，用转让获得的资金，对员工进行安置补偿，这个方案被有心参与农机二厂改制的管理层拒绝，因为这样一来，意味着他们要拿出二千万，才能获得区里掌握的农机二厂的股权，如果拿少了，得到的股份也少。
第二个方案也是区里提出来的，就是按照合同工每人两万的标准，按照工龄进行相应的增减，然后直接折算相应的股份，也就是八百万股份，按照净资产相对应的2000万股本，员工占股八百万，区里还剩下1200万。
这个方案也是管理层所无法接受的，按照这个方案，管理层要拿出1200万收购区里掌握的股份，剩下还有700万股份掌握在银行和债权人手上，员工手上还是800万，他们手上的股份还不到总股份的一半，还不能够控股。
农机二厂的管理层另外提出了一个方案，就是按照老的办法，由农机二厂承担员工安置工作，并抵扣相应的净资产。也就是说，管理层还是只要出1200万，就能获得2000万净资产相对应的股份。相当于将员工安置工作的费用转换成为企业债务，然后直接抵扣净资产，并将企业净资产调整为1200万。
对这个方案，包飞扬并没有同意，这个方案的问题很大，农机二厂后续不可能拿出一千多万补偿给员工，就算包飞扬同意，厂里的员工也不会相信，而员工问题是企业改制过程中最大的隐患，一旦处理不好，很可能出现上访等群体性事件。
包飞扬的态度很明确，企业改制，为了让企业获得新生，摆脱之前的包袱，国家和集体肯定要做出牺牲，企业的价值想要得到充分实现，难度非常大，尤其是在大量企业需要在短时间内进行改制的情况下，即便包飞扬已经发动了全部资源，也很难对上千家大小企业进行充分的市场竞争，通过竞争让企业价值得到实现。
农机二厂的情况相对比较好，海州市农业机械公司和一家韩资机械公司都有意参与农机二厂的股份化改造，而区里的政策是在条件接近的情况下，企业改制优先向管理层倾斜。
不过，农机二厂的情况是工厂规模比较大，管理层拿不出相应的资金，在工厂资产已经进行了相应扣减的情况下，依然在员工安置问题上出现了比较大的障碍，在这种情况下，包飞扬果断让海州市农机公司和韩资机械公司参与改制竞争，并尽可能促成三方的合作。
在存在竞争的情况下，农机二厂管理层希望压低净资产规模的想法自然就行不通了，最终在区政府的协调之下，达成了多方合资协议。其中韩资机械公司直接出资两千万，获得企业百分之四十的股份，部分债权转股权，最终占股百分之十，海州市农业机械公司、浦江农机集团也分别入股，分别占百分之十的股份，另外管理层持股百分之十，员工持股百分之五，区里面还持有百分之十几的股份……
通过改制，汇浔区政府直接入账了三千多万资金，除了拿出几百万资金用于员工安置，收获要比原来的方案多出了不少。
农机二厂的管理层虽然非常不甘，但是很显然，他们拿不出相匹配的条件，他们能够提供的条件要比现在的方案差很多。不过区里面还是对他们为农机二厂做出的贡献给予了肯定，给了一部分干股，加上他们自己也拿了一部分钱，获得了改制后新公司百分之十的股份。
从表面上看，农机二厂的股份制改造价格要比净资产高出了一倍多，实际上区里另外还承诺了一系列的税费减免、土地租金减免、债务抵扣、员工安置，还接手了部分负担比较大的三产等，实际上溢价的这部分，还是会以一系列的优惠政策给予返还减免，另外还承诺将会划出一块新地方，按照优惠政策提供给农机二厂建设新厂。
但是通过这样的运作，政府获得了宝贵的资金，企业理顺了产权关系和劳动关系，减轻了负担，抵扣了坏账，抛掉了大部分不良资产，为企业下一阶段的发展，奠定了良好的基础。
在改制工作中，进展最快的基本上也是一些合资和引入外部资本的股份制改造项目，这些企业的基本情况还算不错，只是因为一些历史原因，造成企业的经营和效益出现了问题，引入外来资本和企业进行合作，剥离了部分不良资产，理顺产权关系和劳动关系以后，这些企业的发展前景还是被看好的。
也正因为这些企业的条件比较好，所以更容易被资本看上，也更容易达成投资合股的协议。而一些经营状况比较差的企业，改制工作推动起来就比较困难，因为按照区里的新办法，想要获得改制企业的股份，成本明显要比预想中的更高一些。
包飞扬也没有着急，本来区里这么多企业，要想一下子都拿出合理的方案，并迅速推动改制就不现实，一旦急了，很多东西都容易忽略，很容易出问题。
按照包飞扬的想法，所有企业的改制工作，都必须严格要求，条件充分一家改一家，如果条件不充分，那就不能仓促进行。
当然，包飞扬精力有限，也不可能每家企业的改制都过问，他要做的还是抓重点，抓主要矛盾。
除了抓一些重点项目，以此为范例带动改制工作的整体进行，区纪检委和区监察局也是重点针对改制工作，进行专项监察，就在首批改制企业陆续签订改制协议，公布改制方案，改制工作得以顺利推进的同时，区纪检委和区监察局也是查出了一些企业存在的问题，很快就有几家企业的管理层被双规。
对农机二厂那种经营情况还可以的企业，区里在考察企业情况的基础上，会充分考虑企业管理层对企业发展做出的贡献，优先考虑采用管理层收购的股份制改造，就算管理层因为资金实力有限，无法直接收购企业股份，区里也采用了相应的政策倾斜、股份奖励、期权、分期支付、融资支持等多种方式给予支持。除了农机二厂因为资本规模太大，采用了合资方案，在首批改制的企业中，也确实有几家企业采用了管理层收购的股份制改造。
汇浔区浔东塑料厂是一家镇属乡镇企业，这家企业的情况有些特殊，是“红帽子”企业，所谓红帽子企业，就是在改革开放初期，一部分个体户和私营业主将企业做起来以后，突破了当时的政策限制，又或者担心政策变化，为了保护自己，所以挂靠集体组织，在自己头上戴了一顶集体企业的帽子，相当于戴了一顶红帽子，多了一顶保护伞。
对于红帽子企业的问题，包飞扬的态度很明确，那就是有据可查，并且证据确凿的，一定要充分尊重历史。综合考虑企业的创始、发展过程中，个人和集体的投入，对现有资产和股份进行划分。如果企业虽然有红帽子，但是在创建和发展过程中，政府并没有任何投入，企业也没有借助红帽子经营，那么企业就是私营企业。
当然，红帽子企业要做到这一点也很难，就算企业开始的时候是个体或者私人的企业，但是在那个特殊年代，企业戴上了红帽子，又怎么可能不用红帽子的名字进行经营？对这种企业，区里也是有针对性地对不同的情况进行不同的处理，按照政府投入的多少，还有红帽子发挥的作用，确定集体占有的股份，通常在百分之十到百分之五十。
红帽子企业的资产界定难度比较大，有一些企业主对自己一手打造的企业却要被政府划走一部分产权很不理解，甚至闹到区政府，还扬言要上访。
包飞扬就将这些人召集起来对他们说：“红帽子到底有没有用，大家应该比我很清楚。如果没有这顶红帽子，很多企业都不能存在，也发展不起来。虽然这是因为特殊的历史原因，但我们必须要尊重历史。在那个特殊的历史阶段，因为这顶红帽子，各位的企业发展起来了，那么各位因此而付出一定的代价，就是很合理的。因为各位得到了红帽子的便利，还有很多人并没有得到，这部分资产给了政府，政府取之于民，也会用之于民，等于是给大家的补偿……”
包飞扬说道：“红帽子不仅给了大家机会，解决了企业的存在问题，也给企业的发展带来了很大的便利，比如机器、原材料的采购，在当时的历史条件下，没有这顶红帽子，企业的这些行为都会受到限制……”
“诸位都是一手一脚将企业做到今天的，应该很清楚那些年的情况，大家诸位既得利益者，对因为红帽子而获得的收益进行重新分配，也是应有之意！”
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