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（一）五军都督府
为了防止军权过分集中，洪武13年(1380年)废大都督府，改为中、左、右、前、后五军都督府，分管京师及各地都司、卫所，惟锦衣等亲军，上直卫不隶五府。每个都督府均设有左、右都督(正一品)，都督同知(从一品)、都督佥事(正二品)，无定员，是恩功寄禄之官；下设经历司，有经历(从五品)、都事(从七品)各1人。
五军都督府无调兵权，军队调遣之权由皇帝直接掌管。兵部在军队中虽有任免、升调、训练之权，但不统兵。每逢战事，由皇帝临时委派专人担任总兵官，统率卫所部队出征，战事结束，总兵归还将印，军队归还卫所。兵权始终掌握在皇帝手中，这是朱元璋从军事上加强和巩固皇权的重要措施。
1）左军都督府辖：浙江都司、山东都司、辽东都司。
2）右军都督府辖：陕西都司、陕西行都司、四川都司、四川行都司、广西都司、云南都司、贵州都司。
3）中军都督府辖：中都留守司、河南都司。
4）前军都督府辖：兴都留守司、湖广都司、湖广行都司、福建都司、福建行都司、江西都司、广东都司。
5）后军都督府辖：大宁都司、万全都司、山西都司、山西行都司。
（二）卫所
明初，朱元璋特别注意军队管理和建设，建立了卫所制度，“自京师达于郡县，皆立卫所”(《明史?兵志》)。在军事要地设卫，次要的地方设所。当时明朝军队(约200万)都编置在卫所中，卫所军户自卫指挥以下其官多世袭，其军士也是父子相继，皆另立军籍。在京各卫称京卫。外卫皆统于都司、行都司或留守司，而都司又分隶于五军都督府。
最初，内外卫所1个卫统10个千户所，1个千户统10个百户，1个百户领2个总旗，1个总旗领5个小旗，小旗领军10人。洪武7年更定卫所制度，大概以5600人为1个卫，1220人为1个千户所，112人为1个百户所，1个百户所领总旗2人、小旗10人。
京卫、外卫之卫指挥使司设官相同：指挥使(正三品)1人、指挥同知(从三品)2人、指挥佥事(正四品)4人；镇抚司镇抚(从五品)2人，掌本卫刑名，兼理军匠。下辖：经历司：经历(从七品)、知事(正八品)、吏目(从九品)各1人，掌文移出入；仓大使、副使各1人。
1）京卫
京卫有上直卫、南京卫、北京卫。京卫番上宿卫者称亲军，以护宫禁，不隶属五军都督府。上直卫亲军指挥使司有26卫，即(洪武中置12卫)锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫；(永乐中置10卫)金吾左卫、金吾右卫、羽林前卫、燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫；(宣德8年置4卫)腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫。
2）京营
永乐22年始置京营：五军营、神机营(统火器)、三千营(统骑兵，嘉靖29年改称神枢)。五军营设中军、左掖、右掖、左哨、右哨，故称五军。京营由提督总兵官1员统辖，后改提督为总督，铸“总督京营戎政”印。另设协理京营戎政1人，掌京营操练之事，以兵部尚书、侍郎或右都御史充任。各营设副将、参将、游击将军、佐击将军、备兵坐营官(管哨官)、坐司官(管掖官)、大号头官、监枪号头官、中军官、随征千总、随营千总、选锋把总、把总等官。
（三）统兵官
明代的都督府都督后来变为空头官阶，因而统兵官需加总兵、副总兵、参将、游击将军、守备、把总等官号。这些官号无品级、无定员，均为差遣的名称。其中，总镇一方者为镇守总兵，与主将同守一城者为协守副总兵，均以都督及公、侯、伯充任；独镇一路者为分守副总兵、分守参将；各守一城一堡者为守备；又有提督、提调、巡视、备御、领班、备倭等名。因事增置，视地险要，设兵屯戍。
遇有战事，总兵佩诸号将军或大将军、前将军、副将军印总兵出战，事毕缴还，后渐成常驻武官。总兵挂印称将军的有：征南将军(云南)、征西前将军(大同)、平蛮将军(湖广)、征蛮将军(两广)、征虏前将军(辽东)、镇朔将军(宣府)、平羌将军(甘肃)、征西将军(宁夏)、副将军(交阯)、镇西将军(延绥)。总兵在蓟镇、贵州、湖广、四川及儹运淮安者，不得称将军挂印。宣德间，又设山西、陕西二总兵。嘉靖间，分设广东、广西、贵州、湖广二总兵为四，改设福建、保定副总兵为总兵，又添设浙江总兵。万历间，又增设于临洮、山海二总兵。天启间，增设登莱总兵。至明末，总兵官增置繁多，不可胜记。
（四）武学
京卫武学(建文4年始置)有教授(从九品)、训导各1人；卫武学有教授1人，训导1-2人；掌教京卫各卫幼官及应袭舍人与武生，以待科举、武举、会举，隶属兵部。各卫若无武学，则诸武生隶于儒学。
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