所以从整体看，大部分土司皆被改流，只在云南、四川偏远之处还有部分土司未改流。
而尚未改流的部分土司，到民国时期，民国政府继续实行改土归流。
在广西，民国初年改流的有太平土州、都安、隆山、思乐、凤山等土司。
李宗仁、黄绍竑、白崇禧统治广西后，又继续改流，到1929年(民国十八年)广西改流全部结束。
民国时在云南沿边地区继续改流，设县或设治局，1913年在西双版纳设“行政总局”，1925年又将“行政总局”改为“思普殖边总办公署”，在西双版纳地区设立车里、佛海、五福、镇越、象明、普文、卢山7个县。
1913年在德宏地区设行政区，次年又设潞西、瑞丽、盈江、梁河、陇川、莲山6个设治局，将原土司置于流官县或设治局的管辖之下。
同时又在双江、澜沧设县，在沧源、耿马置设治局，云南改流全部结束。
至于改流对土司的善后处理的话，清朝的改土归流分为两个步骤，即一为改设流官，一为对被废土司的善后安置，“一依流官之例，倘罪应斥革，即以流官代之，然后选用循良，善加抚恤”。
清朝对改流土司的善后安置极为重视，鄂尔泰云:“今大局甫定，诸务须筹，安辑调停更非易事，若不用猛力，断难图成;若不具恒心，终难善后”。
因此鄂尔泰建议清朝要下大力来做被革职土司的善后事宜，其目的在“要使已归者(改流者)无旧主之思，未归者(未改流者)生欣羡之意”。
清政府对被革土司只有少部分罪恶极大者施以重刑，对绝大部分被革土司根据不同情况采用怀柔宽大处理，以便笼络人心，安定地方。
对以罪革职者之土司的安置。
在《清史稿-刑法志二》载:“改土归流之土司犯，将家口实行迁徙，然各有定地，亦不限千里也。”
对被迁徙的土司又视所罪之轻重区别对待，“有犯斩绞重罪者，其家口应迁于远省安插;犯军流者，土司于家口应迁于近省安插”。
也就是使其离开原居住地，目的是不让改流的土司东山再起，又复生事。
因此所迁土司有一部分在本省安置，大部分迁入内地省分，如江苏、安徽、浙江、江西、河南、陕西等省。
仅安徽1省就安置了广西、贵州改流土司21名。
对被迁土司在生活上予以照顾，规定“每十人拨给官房五间，官地五十亩”。
清世宗胤禛曾敕谕各地方官吏对被迁土司给以关照，以示“皇恩浩荡”，使其感恩戴德，消除思乡之情。
清朝的这一措施割断了土司与原居地的联系，对安定改土归流地区的社会秩序起了一定的作用。
而对恭顺王司的安置的话，对自愿请求改流或自动交出土司印信者，清朝政府一般均给以优厚待遇。
像是在鄂尔泰的奏疏中即明确规定对于投献者“但收其田赋，稽其户口，仍量以养赡，授以职衔冠带终身，以示鼓励”。
湖北、湖南改流土司大都得到如此待遇，不少改流土司被授予千总、把总。
例如永顺宣慰使彭肇槐还得到清政府赏银1万两，被授予参将职。
这样的安置不仅安定了已经改流地区的社会秩序，而且还吸引了未改流地区土司主动请求改流。
而对改流地区的统治措施的话，清政府对已改流地区采取各种措施加强统治，在政治上和军事上，采取设流官、戍兵、建城、编户籍、立保甲的办法。
清朝选派了能力强同时又较廉洁的官吏任改流地区的官员，以便缓和与当地人民的矛盾。
军事上在各地增设营汛，派兵戍卫以加强控制，同时又设保甲制度，稽查户口。
经济上实施丈量土地，编丁纳赋。
文化教育上，提倡立学校，设教职，劝各民族的子弟入学，并规定各民族参加科举的定额。
这些政策的实施促进了改流地区社会经济文化的发展。
当然，已经说了，之所以改土归流的目的，从表现来看好像是明清政府为了解除土司对各民族人民的残酷压迫和剥削，然而改流的真正目的并不在此，其真正目的在于:“剪除夷官，清查田土，以增赋税，以靖地方”。
很明显，改流的目的有三:
首先是在政治上废除土司的统治，打破土司分散割据的局面。
其次是经济上在土司地区实行科田纳粮，变土司对土民的剥削为中央王朝直接进行粮赋的剥削，以增加经济收入。
以及军事上解除土司的武装和收缴土司的武器，以防止地方人民的反抗，加强对地方的直接军事控制。最终目的就是要对土司统治的各民族地区实行直接的统治。
从改土归流的目的来分析，改流就是在政治上除去土司的世袭制，在经济上取消奴隶制和封建领主制的残余，这就是说改土归流是土司统治地区各民族政治、经济制度上的一种变革，对各民族地区社会政治、经济、文化有着较大影响，归纳起来其影响有4个方面:
第一，有利于统一多民族国家的巩固和发展。
改土归流消除了各地土司分散割据的封闭局面，各土司地区完全纳入了中央王朝的直接管辖之下，交通道路的畅通，加强了各民族地区人民之间的来往，湖北来凤县“自改土后，披荆斩棘，行李往来，遂为三省之要衢，四冲之捷径”。
湖北施南地区则是“商贾多江西，湖南之人”，“川、鄂、湘交界各族人民互通有无，密切交往，湖广、四川、江西、陕西、江、浙、闽、粤的商人和官吏皆来湖北，有的还定居下来，形成了一个多民族汇合的地区”。
土司被废除后，清政府可以对原土司统治下的人民进行户籍清查，登记编册，转到清政府的直接控制之下，并将原土司的庄奴释放为自由农民，如云南丽江土府改流后释放了原木氏土司的庄奴2000余人;湖广容美土司改流后，追释了原被掠保靖良民500余人。
原来的那种依附关系不存在了，成为清政府的直接编民，这对缓和社会矛盾，促进生产的发展起了一定的作用，也就有利于多民族统一国家的发展和巩固。
第二，革除了一些旧制陋规。改土归流过程中清政府对土司地区一些旧制陋规作了一些改革。
首先是革除土司的苛派和特权剥削，诸如“火坑钱”、“锄头钱”、“烟户钱”、“年岁钱”、“鞋脚钱”、“修衙门钱”、“破收银”等一律予以革除。
仅泗城府、西隆州就革除土司各种苛派银1517两，云南丽江府改流后革除各种苛派银2万余两。
然后税收由清政府统一管理，按亩进行征收，并在一段时间内“科粮从轻”，减轻了人民的负担，农民的生产积极性有了提高。
革除一些土司长期统治造成的流弊，对于改流前土司自定的刑律、私设的公堂一律废除，还禁止土目擅管地方，禁止仇杀、掠抢人畜和勒索抢掠商人财物等。
这些措施有利于地方的安定和发展生产、繁荣商业。革除了某些民族的陋俗，如禁革“骨种之习”和同族婚姻，还“禁止端公邪术”、“禁乘丧讹诈”、“禁轻生”等。
这些措施虽难以被当地各民族所接受，但都有利于各民族的繁荣和发展。
第三，促进了原土司地区社会经济的发展。
由于土司的废除，使奴隶制和封建领主制得以彻底瓦解，土民从土司的束缚下解放出来，获得了较多的自由，再加上清政府在改流过程中比较重视恢复和发展生产，土民的生产积极性就高涨起来，结果使改流地区的社会经济有了新的发展。
改流后，清政府允许土地自由买卖，鼓励开荒和招农开垦，使大量有主土地得以耕种，大量无主土地得以开垦，耕地面积大幅度增长。
云南丽江上府改流后的1725年(雍正三年)只有耕地790余顷，到1727年(雍正五年)新开垦了耕田471余顷，1729年(雍正七年)又新开垦55余顷，总耕地面积增至1318余顷，比明末清初时增加了3倍。
包括鄂西大片荒地也被开垦，1754—1774年(乾隆十九年至三十九年)，施南府垦出荒地55396亩。
改流后，原土司地区的水利建设也有较大的发展，清政府根据各地的不同情况，对以往常造成灾害的江河湖泊进行了治理，并修建许多新的水利工程。
以云南省为最多，仅在雍正年间昭通地区就兴修水利工程10处，灌溉面积达2万余亩。
据乾隆《云南通志》卷十三水利条记载，雍正年间云南省疏河、开渠、筑堤、建闸等各项水利工程达70项之多。
水利工程的兴建促进了农业生产的发展。
改流后，还将内地的先进生产技术和农具输入到改流地区。
鄂西地区“向来刀耕火种，不用灰粪”，因此鹤峰第一任流官知州即教民“积粪和灰”，“多收草粪”，引进铁犁、铁耙、铁镰等，使“高低田地，皆用牛耕”。
其它省改流地区这种引进先进技术和农具的现象亦很普遍。
改流后亦使手工业和商业有了较快的发展。
对改流地区清政府鼓励从事多种经营，鄂西地区改流后“女勤于织，户有机声”，木匠、铜匠、裁缝各业俱有;施南府“百工多系本地居民有精于艺者，或居肆置物”。
云南东川的矿业也有发展，“矿产税年收万金”。
集市贸易更为繁荣，改流后水陆交通的开通，“水道可以安稳行舟，往来商贾称便，苗、彝土特产，借以源源输出，外地商品，如盐、米、布帛诸物亦得以大量输入”。
湖北鹤峰州“舟楫之往来，连络不绝，商贾之货殖，各种俱全;人事之繁华，已至其极”。
改流地区商业的繁荣可见一斑。
总之，改土归流促进了原土司地区社会经济的发展。
第四，促进了土司地区文化教育的发展。
改流前土司往往以“恐土民向学有知，不便于彼之苛政，不许读书”，“向来土官不容夷人应考，恐其入学，与之抗衡”。
改流后清政府下令废除“禁部中夷人不许读书”的旧规，提倡在各改流地区广设学校，凡有条件办学的地方，均设立学校和教职，还规定取士名额。
湖北鹤峰流官知州提出设立义馆，令民间子弟上学，7岁以上儿童必须上学，父母不得阻止。
为了扩大民间子女入学机会，在施南府设了府学。
各县大都设了县学、乡学，实行科举考试。
清政府为了笼络人心，还在一些州县专设苗童名额。
据不完全统计，雍正改流后建立的学校;在贵州有府州4个，在云南有府州6个县2个，在广西有府州5个县1个，在湖南有府州1个县4个，在四川有府州2个县1个。
学校的建立，使许多民族的子弟有机会上学，“文教事兴，人皆向学。
不独世家巨室，礼士宾贤，各有家塾，即寒素子弟，亦以诵读为重”。
而文化教育事业的发展对改流地区各民族社会经济文化的发展有着深远的影响。
因此综合上述，可以对改土归流的影响作如下的评价:改流是土司统治地区各民族经济和政治制度的一次大变革。
就经济变革来讲，改流以后，一些地区的封建地主经济取得了主导的地位，一些地区的封建地主经济则由此而发展起来。
再就政治改革而言，土司统治时期，各民族中还分别存在着封建领主、奴隶主的地方政权，中央王朝只能通过各民族中的领主、奴隶主实行间接的统治，改流后领主、奴隶主政权皆被废除，而代之以流官政权实行直接的统治，从而加强了中央集权的统治，使各民族地区的基层政权与内地汉族完全趋于一致，各民族地区与汉族地区政治上的统一向前发展了，巩固了中央王朝对各民族地区的统治，也使多民族统一国家得到进一步的巩固。
其结果是促进了改流地区各民族社会经济文化的发展，这是改土归流的进步性，应该加以肯定。
但是改土归流又是建立在有利于大民族封建中央统治阶级对各民族人民进行剥削的前提下进行的，所以中央王朝中统治阶级的剥削代替了各民族中土司的剥削，以流官代替土官的统治，各民族人民不可能摆脱阶级压迫和剥削，甚至造成有些地区土流双重压迫和剥削，民族歧视和民族压迫依然存在，使改土归流的进步性受到非常大的局限。
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