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终于，伴随了朱显波五年之久的总理大臣被卸职了。接下来，就全部按照朱显波的想法排定朝廷命官，撤销首辅职位，改中书省为政务院，政务院长官为首相，设副相两名，下设兵部，吏部，礼部，工部，科技部，户部，刑部。各设尚书一名，侍郎两名，其中科技部下设铸造局和农科局，工部下设织造局、陶瓷局、造船局，兵部增设公共安全局和海洋安全局，户部下设海外贸易局，吏部下设社政、海洋及科技三学院，各所院局长官等同侍郎，官居三品。
刑部尚书薛贞顺理成章升任首相，科技部徐光启、工部沈万培兼任副相，钱嘉征升刑部尚书，刘立洋任兵部尚书，王诚恩任礼部尚书，吏部尚书黄鸣、户部尚书张瑞图未变。刘策调任北直隶左布政使，杨一鹏则调任杭州知府。其余官员要么平调，要么升职，影响不下五十人，至此各部功能更加细化，人员组成更加年轻化，开明化。当然最主要的是朱显波的皇权也更加巩固了。
首相负主持朝廷大部分事务的处理，科技部负责研发，包括工农林渔及战场武器装备等；吏部负责官员分类深造和考核；工部负责地方基础建设和贸易商品等生产以及船只制造等；户部负责各地税收和海内外贸易及全国范围内赈灾和朝廷的收支预算等；兵部负责国家边防以及国内公共安全及海防安全。
按照朱显波的想法，不但各部长官要换，甚至连各部门的大小衙门增设都要一一详细考虑，但这个工程太过庞大不能操之过急，于是第一步想到了改革兵部，刘立洋掌管兵部，是很多人料想不到的，这刘立波从做官到现在不过五六年时间，不过经过朱显波等人的大力栽培也算得上一等一的青年才俊了。
朱显波招刘立洋回到京城也是想带在身边多加培养，以备将来征战。于是布置下去让刘立洋着手改革兵部。朱显波的中心思想还是总统制一样，皇上为自然的三军最高统帅，各兵种和军区结合，但是一时也找不出合适的棒啊，也是召集朝中大臣和将军们多次开会讨论。
一来要建立强大的帝国军队，威震蒙古、吐蕃朝鲜等番邦，二来要组建水师，防范倭寇侵扰。由于明朝的卫所制度到朱显波手里基本上荒废得差不多了。朱显波不想旧事重提，但一时半会又找不到别的好办法。
经过多番的头脑风暴，朱显波心中才算有了个大概。坚持募兵制，坚持卫所制，还好大明朝廷有海外贸易收入还算可以。足以应付募兵制度。这样也不至于征兵恶化地方治安。
“刘爱卿，从即日要尽快恢复各地卫所建制，控扼要害。中央设大都督府，征讨、镇戍、训练等则听命于兵部。遇有战事，兵部奉皇帝旨意调军，任命领兵官，发给印信，率领从卫所调发的军队出征。战争结束，领兵官缴印于朝，官军各回卫所。”
“在地方，设都指挥使司（简称都司），置指挥使，为地方统兵长官。都司之下，在冲要地区的府(含直辖州)、县（州）置卫或设所。”
“全国和地方部队仍旧分开管理，京军设习阵营，巡哨营和火枪营等，归中央将军集中统率、训练。地方军包括卫军、边兵和民兵。卫军配置于内地各军事重镇和东南海防要地。边兵是防御北方蒙古骑兵的戍守部队，配置于东起鸭绿江、西抵嘉峪关的9个军镇。九边具体人选还要自己斟酌。”
“微臣领命。”
“民兵预备役是个很关键的问题。民兵是军籍之外、由官府佥点、用以维持地方治安的武装，内地称民壮、义勇或弓兵、机兵、快手,西北边地称土兵,西南少数民族地区有苗兵、狼兵等土司兵。此外，还有不同行业和阶层组建的矿兵、盐兵、僧兵等，用于维护各地治安，和全国各矿场、盐运等。遇有战争，应召出征，战争结束仍回原址。”
“卫军一步兵、骑兵为主，辅助以弓弩火枪大炮。中央军要提高骑兵的比例，马匹的购置和兑换一刻也不鞥松弛。另外兵部专设水师督抚，建三舰队分别驻守天津、杭州、广州三地独立于地方政府直接听命兵部，长官为水师提督，负责大明海防。”
“皇上，这水师督抚只怕一时难以到位。”
“先按照这个框架去做，有人有船了再执行任务不迟。”朱显波的心中海军才是强国保障，但刘立洋不得不担心蒙古、吐蕃闹事。
“皇上，卫所制度虽好，但兵力部署分散，一旦北方有事，只怕难于应付。”
“你也要转变观念，说到底，今后出征讨伐之类，朕不希望再匆忙从各驻地调兵，京军不管人数多少一定要精锐中的精锐，全权负担起这个责任，同时要加大火枪营的力量。尤其是骑兵配火枪。对付蒙古人就得以武器制胜。耗人数，不是上策。”
朱显波内心真正希望的是军区制度，各军区负责驻防，中央军负责征讨，但目前由于剿灭起义军和驱逐皇太极都有部分损失，中央军的力量还有强大支撑所有的战事。因此西北和辽河一直以总督形势而不是布政使和总兵军政分离。
框架搭设好，接着就是人员配备问题。袁崇焕毒发身亡后，一直是祖大寿接替其守开平卫，为的就是防范蒙古突变。如今兵部改革，应该给几个年轻人机会了。
朱显波思索再三，将任命书交到刘立洋手中，戚宏亮任海军总都督，正三品统管水师、海防、船务等。三个书生穆友前、龙康仔、伤不起分人三舰队提督。只待船队到位行使海防任务。张蕾任中央军大都统，李自成任副都统。负责新兵训练和京师驻防以及将来的征伐等。
之所以调李自成进京，朱显波还是希望张蕾退下来进宫，让男人们掌管军事。未曾想这种做法可能激怒了张蕾，那是后话。但说李自成的升官速度也很快，当然其中有自己的才华和功劳为铺垫，主要还是朱显波的赏识。由于朝廷基本上已经是听命于朱显波的组合，对于李自成的身份也不再有人质疑。
本来嘛，李自成参加起义军是才二十出头，用现在的话来说，还没有正确的世界观、人生观和价值观呢。当然年轻人有才华有抱负应当给予机会，就像当初的徐光启一样。朱显波深信自己掌控得了李自成等。当然最主要的还是有王拓和刘立洋在身边。
李自成对于朱显波的感激之情当然不在话下，最主要的还是思路相合，对于朱显波重新严格区分地方军和京军的功能尤其支持，他当年参加起义军就亲眼目睹了起义军利用朝廷的漏洞迅速起事的事实。而且地方军不调动也利于当地治安。
只是另外一个问题摆在了朱显波等人面前，那就是京师和直隶集中了大量的军队，那么军粮的开销也十分庞大，各地的漕运和陆地运输必须得加强了，换句话说就是要加强粮食主产区和京师之间的运输能力。最好的办法当然就是疏通运河、修建陆路官道。
河道通畅、陆路发达对于商贸也是有很大的促进，退一万步，将来那省有事，中央军到达的速度也可以加快些。尤其是骑兵，在平地那日行一千，夜走八百还说不定真能实现。要想富，先修路吧，朱显波面临的另一件大事就是修路了。
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