这些僧尼眼见着智庆大师身死当场，知道对面县官是个狠角色，也就都不敢动弹，乖乖地任由官府的人控制。
阎应元这里则先下令查了这些僧尼的度牒。结果却发现，十成的僧尼里竟有八成都没有度牒，全是藏匿在这佛寺里的黑户！
“没有度牒的，全部问清家里情况，能遣发还家的就遣发还家，并发给路费！不能遣发还家的，重新编户，发给安家费，令其下山！”阎应元也因此照旨令安排了起来。
“我们不下山，我们不下山，我们生是这里的人，死是这里的鬼！”但在这不久，就有一些僧尼死活不肯下山还俗。
阎应元见此直接喝令道：“不欲下山者，皆视为抗旨，先杖打三十，再关进大车里，押解进京，等候确定流放地！”
“是！”
“摁在地上，打！”官衙胥吏差役应了一声，便要开始打这些僧尼。而这些僧尼中的不少人倒是老实了许多。
但也有人还是不堪忍受这种不能再在佛寺里锦衣玉食的日子，尤其是还要被人如此欺辱，而不能像在香客佃户面前受香客佃户们顶礼膜拜一样有人上人的快感，也就大喊一声，说：“你们这些酷吏，我给你们拼了！”砰！
扬言要拼命的僧人当场就被持铳的县衙兵丁打死在地。其他僧人见此不得不更加老实了起来。
啪！啪！啪！于是，因不肯下山的僧尼开始自觉地接受着杖打，吃痛惨呼着。
而其他僧尼则也不敢再喊着说不愿下山，也就老老实实地领了路费或安家费，下了山。
因有度牒在身而不用下山的少数僧尼见此也不敢多嘴，都只合手念佛。
“继续抄！”
“佛寺钱粮，必须有源可查，以防巨额财产来源不明；”
“佛寺寄宿客人，也必须有源可查，以防大盗巨贼藏匿其间。”阎应元则在这时，继续吩咐起来，而严格执行着上面的要求。
作为一名因为改制才能从胥吏阶层被提拔为知县正堂官的他，自然不会抵触新政。
“报！县尊，我们发现在僧院南房有大量未剃发的孩童，男女合计三十七名！”
“报！县尊，我们发现在僧院收租房内有大量违例取利的借贷契书，还有大量地契，以及金银无数，且存放有账目，但账目所记来源多为收租与收息，少量为香客所捐香火钱。”这时，阎应元麾下的胥吏差役陆陆续续在抄了后，就跑着来向阎应元抄没的情况。
阎应元听后沉着脸吩咐道：“抓一个管事的僧人来问问，这些孩童从何而来？”
“他们皆是我们老爷从拐子手里买来的孩子。”被抓来的一管事僧人回道。
阎应元听后立即吩咐道：“将这些孩童先送到养济院养起来，令本县有孩童走失的父母可来养济院认领。另外，该寺私蓄孩童为奴，罪大恶极，度牒全部没收，有度牒的僧尼也全部关押起来，准备流放！”这管事僧人听后大惊，忙跪下哭喊道：“县尊饶命啊！饶命啊！这些孩子买来为奴，本是老爷的意思，小僧等也不过是奉命行事啊！”阎应元则道：“你们知情不报，也是有罪的，岂能只让一个已经死了的人承担全部罪责？”这管事僧人听后还是求饶。
但阎应元没有搭理，只让人把这管事僧人拖了下去。然后，阎应元就又按照诏旨旨令指示道：“收租和放贷所得全部籍没入官！”
“放贷契书不管收没收完，全部烧了！”
“对于地契，暂时收存起来，准备接下来分田使用，立即将该寺所有佃户叫来！”没多久，崇誉寺的佃农全被叫了来。
而阎应元则依照地契对这些佛寺的田产重新进行了清丈，然后把这些地重新分给了佃农。
多出来的还没有租佃出去的田产则分给了愿意转为自耕农的该寺僧尼们，而这些僧尼和被分得田地的佃农，则因此都重新成为了自耕农。
大明的自耕农数量无疑因此得到了增加。一个农耕文明为主的帝国，自耕农的数量决定着一个国家的财政状况和社会稳定状况。
所以，自耕农数量增加对国家而言是好事。就这样，诺大的一个崇誉寺就被整顿的只剩下一个座空寺，寺产全部入官，租于士民经营。
寺田则全部分于百姓，僧尼要么被逼着下山变成自由民，要么被流放。
不过，为了满足广大百姓中一些善男信女礼佛之需求，同时考虑到这也是当地一景，阎应元倒没有打算烧毁该寺，只打算请一个没有问题且真心向佛而有度牒的老僧来做崇佛寺做主持，管理该寺的佛经和院内不用被分出去的菜地。
无论如何，阎应元做事可谓是雷厉风行，也算是很好的完成了一次中央朝廷下达的关于整顿佛寺的旨令。
只是在阎应元带着县衙官吏差役，押着一干将要被流放的犯事僧尼回城时，突然一阵急促的马蹄声传来。
“大胆！”紧接着，就是一声怒喝，一员彪悍的武官在一队亲卫骑兵的护卫下出现在了山门外。
与此同时，这武官还喝令道：“围住寺庙！一个人也不准放出去！”
“是！”于是，这武官麾下的官校就行动起来，很快就将整个崇誉寺围的水泄不通。
阎应元见此走出山门问道：“将军是谁，为何要干预本县事务？”这武官道：“本官乃临清参将刘良左！此寺也有本将之产，尔等怎能擅夺本将产业！”刘良左说完后，阎应元沉声道：“原来是刘参帅，本县是奉朝廷诏令整顿佛寺道观，至于这寺是谁的产业，则与本县无关，要是将军决定本县不该整顿该寺，自可向朝廷上奏说明！”
“舅老爷！救救外甥啊，家父被这狗官杀了！这狗官拿着朝廷的旨令，把寺里的一切都抄了，田都分了出去，产业钱粮也都入了官，人都抓了起来，连准备送给舅老爷您而买的几十个孩子也都被收了！”这时，一本是智庆大师庶子的小僧人跑出来，跪在刘良左面前哭诉了起来。
刘良左听后更加愤怒，瞅向了阎应元。阎应元倒也没有怯场，只冷声问道：“刘参帅，难道您也要忤逆朝廷诏旨吗？！请您别忘了自己的身份。”
“本将是不敢，但本将把这事栽赃到罗教身上的胆子还是有的！”刘良左冷笑着说了起来，说着就指着阎应元这些人道：“把这些人全杀了！不要留一个活口！”
“是！”于是，刘良左的麾下家丁就持铳朝阎应元这些人步步逼近而来。
阎应元麾下的官吏差役们皆慌张起来。阎应元自己也紧张起来，大声问道：“刘参帅！天网恢恢，你这样做，就不怕将来事泄吗？！”刘良左冷笑着说：“这里山高林密，十里内没有人烟，只要你们全死在这里，谁知道？”
“仆知道！”这时，山寺后面山岗处的小路上，一着蟒袍的大官突然出现，且声音洪亮的喊了一声。
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